Volta e meia encontro-me batendo cabeça de como aplicar transparência em imagens. A resposta é simples e está no vídeo abaixo. Veja como fazer utilizando o Gimp*, uma solução em software livre.
Claro que não sou o criador do vídeo (esta voz é horrível, hehe). Os créditos do autor estão no final do mesmo.
